Antes de deixar o cargo, a anterior procuradora-geral de República, Lucília Gago, comunicou a vários organismos que a gestão da Santa Casa da Misericórdia de Lisboa (SCML) está a ser investigada em sete processos judiciais, seis dos quais ainda em fase de inquérito no Ministério Público, segundo o jornal Público.

Aos organismos em causa - a Comissão Parlamentar de Inquérito (CPI), a Gestão Estratégica e Financeira e a Tutela Política da Santa Casa da Misericórdia de Lisboa - Lucília Gago detalhou que de “cinco processos em fase de inquérito", dois estão a decorrer no Departamento de Investigação e Acção Penal de Lisboa (DCIAP), enquanto outros três pertencem ao Departamento de Investigação e Acção Penal Regional de Lisboa. Deste conjunto, informa ainda o Público, dois dos processos “encontram-se sujeitos ao regime de segredo de justiça”. Existe ainda um outro inquérito no DCIAP, também em segredo de justiça, assim como "um outro processo em fase de recurso de decisão instrutória de não-pronúncia”.

Este último caso envolve vários dirigentes da Santa Casa da Misericórdia de Lisboa indiciados pela prática de adjudicações fraudulentas de serviços, que a primeira instância decidiu não levar a julgamento, tendo o MP apresentado recurso no Tribunal da Relação. Entre os arguidos estava a antiga responsável pelo pelouro da saúde da instituição entre 2011 e 2019, Helena Lopes da Costa.

Recorde-se que as investigações à SCML começaram em outubro de 2021, quando a SCMS e a Escola Superior de Saúde de Alcoitão foram alvos de buscas que abrangeram os computadores do então provedor Edmundo Martinho e de Maria da Luz Cabral, que coordenava o Grupo de Trabalho de Políticas Públicas de Longevidade. Ambos manteriam uma ligação em 2016, aquando da contratação de Maria da Luz Cabral pela Santa Casa. Nessa operação, foram também apreendidos dossiês sobre o doutoramento desta técnica, que terá sido pago pela SCML, e sobre alegadas contratações de familiares pela instituição.

Outro momento-chave ocorreu em 2023, com a confirmação da PGR de um inquérito em curso contra a Santa Casa, que estaria a contratar funcionários com altas remunerações enquanto os trabalhadores da casa mantinham as progressões salariais congeladas. Em 2024, a PJ conduziu em março buscas na SCML, relativas à aquisição do contact center, adjudicado à consultora Accenture por 2,2 milhões de euros.